通过Achelous 启动Rstudio 服务

R 是生物信息学研究常用的统计及绘图工具。相对于Perl 或 Python语言,R语言更强调使用时的交互性。因此Rstudio 是生物信息学分析工作人员最长用到的IDE 开发工具。

Achelous 可以通过后台启动服务的方式,在集群环境下运行Rstudio 服务。方便生物信息分析人员直接利用集群资源进行统计分析和交互式图形展示。并且,集成MPI 并行计算功能和Shiny 服务,用户也可以实现在个人电脑上较难完成的功能

获取Rstudio Docker 镜像

用户可通过极道提供的镜像资源服务获取,并将镜像推送至本地系统镜像仓库中

docker pull www.xtaohub.com:8280/library/rstudio:xtao 
docker tag www.xtaohub.com:8280/library/rstudio:xtao registry.servicemgr.apc:5000/rstudio:xtao 
docker push registry.servicemgr.apc:5000/rstudio:xtao

通过Poros 启动Rstudio 服务

用户可以Achelous 的Poros 在浏览器启动Rstudio 服务。

Poros服务配置界面


Rstudio 使用

启动Rstudio 服务后,用户可以使用其在Achelous 平台上的账户和密码,登录Rstudio

Rstudio登录界面

极道科技提供的Rstudio 镜像中,已经预安装了生物信息学常用的软包(如:ggplot2、dplyr 等),用户也可以根据自身项目需求,进行扩展包的安装。并且可以直接访问集群存储的数据。

Rstudio界面

注意

用户访问数据时,需要注意权限规则与Achelous 操作系统一致。

Powered by XTAO TechnologyLast Modified On:2021 2023-03-24 09:05:11

results matching ""

    No results matching ""