Achelous 特有的库函数

Achelous 特有库函数

copy_file: 拷贝一个（或者多个）文件到其它存储。这个函数接受4 个参数如下：

类型	说明
File	或者String 需要拷贝的文件路径
String	目标存储类型。目前只支持”hdfs”
String 或者File	希望拷贝文件去的目标目录路径，可以为空""。如果为空，将自动分配存储路径。
String	需要同时拷贝的同一个目录下同一个名字但是不同的后缀名的文件的后缀名。

例如调用copy_file(file1, "hdfs", "", "idx")，如果file1 指向文件"/mnt/vol1/frank.bam"，那么将会把"/mnt/vol1/frank.bam”和”/mnt/vol1/frank.idx"都拷贝到目标路径下。

如果不使用copy_file，用户需要在WDL 脚本里添加一个task 拷贝数据到目标路径。使用 copy_file 可以避免添加额外的task。Bioflow 使用内部的高性能并行数据传输引擎拷贝数据，非常高效，用户无需再关心数据拷贝的细节。